Đối với thuế NK, Biểu thuế NK gồm 10.216 dòng thuế theo cấp độ 8 số và 1.442 dòng thuế được chi tiết theo cấp độ 10 số.
Thuế suất trung bình năm 2019 là 9,1%; năm 2020 là 7,7%; năm 2021 là 6,3%; năm 2022 là 4,8%. Về nguyên tắc áp dụng, tương tự như với thuế XK, thuế suất thuế NK áp dụng cho giai đoạn 2019-2022 cho phép Mexico áp dụng thuế suất theo lộ trình cắt giảm bắt đầu từ năm thứ nhất; các nước Australia, Canada, Nhật Bản, New Zealand, Singapore áp dụng thuế suất theo lộ trình cắt giảm bắt đầu từ năm thứ hai.
Đối với hàng hóa từ khu phi thuế quan của Việt Nam NK vào thị trường trong nước, để đảm bảo lợi ích cho các doanh nghiệp trong khu phi thuế quan của Việt Nam, Bộ Tài chính đề xuất áp dụng lộ trình bắt đầu từ năm thứ hai (như áp dụng đối với các nước Australia, Canada, Nhật Bản, New Zealand, Singapore).
Điều kiện áp dụng thuế NK ưu đãi đặc biệt được thực hiện theo Hiệp định CPTPP. Bên cạnh việc đưa ra dự thảo Biểu thuế NK ưu đãi đặc biệt thực hiện Hiệp định CPTPP, Bộ Tài chính còn dự kiến Danh mục hàng hóa và thuế NK ưu đãi đặc biệt đối với xe ô tô đã qua sử dụng áp dụng hạn ngạch thuế quan để thực hiện Hiệp định CPTPP.